cobitの下記の4つの機能を使うことで、ダウンロードした複数ファイルのデータをスプレッドシート（またはExcelファイル）にまとめて出力することができます。

1.[繰り返しを抽出]ステップで、ダウンロードしたいファイル列を選択
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設定が完了すると下記のように画面左に「抽出要素の繰り返し」という白い枠が作成されます。
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2. [ダウンロード]ステップで、先頭のデータをダウンロード
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3. [ファイルから取得]ステップで、ダウンロードしたファイルのデータを取得
編集画面左の「＋」ボタンをクリックして、[ファイルから取得]ステップを選択します。
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「すべて選択」を選択して、「追加」ボタンをクリックします。
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4. 取得したデータをスプレッドシート（またはExcelファイル）に出力
「ここまで実行する」で、オレンジ色のカーソルを白い枠の外に持って行きます。
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[ファイルに出力]ステップで、取得したデータをスプレッドシート（またはExcelファイル）に出力します。
なお、その際は出力タイプを「全て」にする必要があります。

以上の流れで、繰り返しダウンロードした複数のファイルを、スプレッドシート（またはExcelファイル）にまとめて出力することができます。

・ファイルごとにデータの列数が異なっている場合でも、上記キャプチャのように

　出力することができます。

・データ出力の順番は、ファイルのダウンロードの順番です。

※この記事は、2020年3月23日時点の情報になります。