Para hacer solo una actualización de datos en tus productos, primero deberías exportar los productos y cambiar los datos que quieres modificar en ese mismo archivo, sino, corres el riesgo de que no reconozca que es una actualización y te lo duplique todo.
Para exportar el archivo de productos, deberías ir a 'Ver todas las opciones del menú' -> 'Exportación de datos' :
Y luego hacer clic en 'Exportar productos' y en la siguiente página haces clic en 'Descargar':
El archivo que descargues es el que debes modificar para volverlo a subir al programa con la importación de productos que tienes en 'Ver todas las opciones del menú' -> 'Importación de datos' -> 'Importar productos'.
IMPORTANTE: Cuando tengas que elegir el atributo se utilizará como clave para determinar si se actualizará el producto o se creará uno, tienes que seleccionar 'Producto ID'.
Si tienes alguna otra consulta, ya sabes donde estoy.