Sí, con FacturaDirecta puedes llevar el control de stock de tus productos.
Para ello, cuando añades un producto en el programa tienes que activar el control de stock y añadir la cantidad que tienes de ese producto (el stock actual)
De esta forma, cada vez que hagas un albarán, un pedido de cliente o una factura con ese producto, automáticamente el programa rebajará el stock que tienes.
Y cada vez que crees una orden de compra con ese producto y lo marques como 'Recibido' se sumará al stock
Te dejo un par de enlaces con más información sobre esta funcionalidad.
Si tienes alguna otra consulta, no dudes en contactar conmigo.