Las cancelaciones de factura (dependiendo de la versión de factura) se tienen que realizar directamente desde la página del SAT.
Una vez que estés en la página de SAT, ubica la opción de "Factura electrónica"
Selecciona la opción "Cancela y recupera tus facturas".
De esa forma entrarás directamente a la cuenta de SAT donde podrás ver todas tus facturas generadas sigue las instrucciones allí descritas para hacer la cancelación de la factura correspondiente.