Para marcar una cuota de un préstamo como pagada, debes seguir la siguiente ruta:
Remuneraciones → Préstamos → Gestión de Préstamos → (tres puntos) → Editar.
Al editar, se abrirá una nueva pestaña con todos los datos del préstamo. En la parte inferior se mostrarán las cuotas, donde deberás seleccionar aquella que deseas marcar como pagada. Luego, solo tendrás que guardar los cambios.
Y listo, así de sencillo es marcar una cuota como pagada en Gestión de Personas.