Para anular un documento rechazado por el Servicio de Impuesto internos se debe realizar lo siguiente:

1-Eliminar el comprobante contable asociado al documento: para esto debemos hacer click en la cadena amarilla que se ubica a mano izquierda del documento, se mostrara el asiento contable, se debe desaprobar y una vez indique que esta desaprobado, click en eliminar

2-Eliminar el movimiento de inventario asociado al documento (si el documento actualizaba stock): para esto debemos hacer click en la cadena verde que se ubica a mano izquierda del documento, ahí nos indicara el numero del movimiento del inventario

3-Se debe ir al modulo de Inventario> Movimientos aprobados> filtrar y ubicar el movimiento> hacemos click en la cadena amarilla, que muestra el asiento contable del movimiento de inventario y desaprobar y una vez indique que esta desaprobado, click en eliminar

4-Una vez eliminado el comprobante del movimiento de inventario le aparece sin la cadena, hacemos click en reversar, y se envía el movimiento a por aprobar, una vez desaprobado, anular y eliminar
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5-de esta manera aparecerá el documento en ventas sin ninguna asociación, entonces procedemos a Seleccionar y Anular

Una vez en rojo ya esta anulado el documento

6-En el caso de que todo el rango de folios este vencido debe proceder a eliminar el rango de folios cargados y Vencidos del erp (si no están vencidos los folios omite este paso)

Ingresa en Configuración> Factura Electrónica> Importador de CAF, ubica el rango lo selección y click en eliminar 

7-Anular el Folio en la pagina del SII

anulado el documento en el erp, se debe tambien anula el folio en el SII

Entramos en la pagina del sii en Servicios On line> Factura Electrónica > Sistema de Facturación de Mercado>Timbraje Electrónico > Anular Folios 

Debe ingresar con el certificado digital de la empresa, y le solicitara luego el rut y el tipo de documento a anular

Ahí le mostrara los rangos de folios autorizados de su empresa donde ubicara el folio a anular