Para registrar una factura de compras con montos afectos y exentos Debes ingresar en el módulo de compras a ingresar el nuevo movimiento en: Compras> Movimientos por emitir> Nuevo.

Luego se procede a ingresar los datos del encabezado del documento (tipo de documento, folio, fecha, condición de pago, vencimiento) Así como los datos del proveedor y la fecha contable del movimiento.

Luego de esto avanzamos a la pestaña "Detalle" donde vamos a ingresar el total de los montos afectos y exentos.
Tomando como ejemplo la siguiente factura

El registro en detalle quedaría de la siguiente forma, y avanzamos a "Totales"

Avanzando a la pestaña "Totales" vamos a ingresar de forma manual el monto exento y el sistema realizará el calculo del IVA y el total del documento.

Luego de verificados los saldos del documento procedemos a Grabar