La méthodologie utilisée par Goodvest ne tient pas compte des espèces invasives, qui peuvent avoir un impact significatif sur les écosystèmes mais également des écosystèmes marins qui représentent une part conséquente de la surface terrestre. En effet, il n'existe pas de modèle satisfaisant à grande échelle afin de matérialiser cet impact.

Le MSA.km2 se concentre principalement sur l'abondance moyenne des espèces, négligeant d'autres aspects importants de la biodiversité tels que l’aspect fonctionnel de la biodiversité, à savoir la diversité génétique, la variabilité des espèces, les espèces rares ou les interactions complexes entre les espèces au sein des écosystèmes, limitant sa capacité à capturer pleinement les changements écologiques. Le manque de consensus scientifique empêche d’obtenir des données fiables sur la fonctionnalité de la biodiversité.

Les résultats peuvent également varier en fonction des méthodes de collecte de données utilisées, de la fréquence des échantillonnages et des régions géographiques étudiées.

En revanche, nous maintenons une veille permanente afin d’adapter notre méthodologie en fonction de l'évolution du consensus scientifique.