Das Einkommensteuergesetz kennt genau zwei Ereignisse, an denen eine Lohnsteuerbescheinigung abzugeben ist:
Austritt des Mitarbeitenden im laufenden Jahr
Ende des aktuellen Jahres
Bei einem unterjährigen Wechsel des Abrechnungsprogramms werden in der Regel keine Lohnsteuerbescheinigungen erstellt. lexoffice ist hier eine Ausnahme.
Wenn Sie nicht handeln, versendet lexoffice am Ende des Jahres die Lohnsteuerbescheinigung lediglich mit den Daten, die in lexoffice eingetragen (abgerechnet) wurden. Daten aus den vorherigen Monaten (vor lexoffice) sind nicht enthalten.
Lösungsmöglichkeiten
Es gibt zwei Möglichkeiten damit umzugehen:
Sie erfassen Vortragswerte und sorgen so für eine vollständige Lohnsteuerbescheinigung. Hier steht, wie's geht.
Sie erstellen mit Elsterformular manuell eine Lohnsteuerbescheinigung für den Teil des Jahres vor lexoffice.
Ist die Abgabe von zwei Lohnsteuerbescheinigungen im Jahr erlaubt?
Ja, es dürfen ausnahmsweise zwei Bescheinigungen erstellt werden. In den FAQ auf der ELSTER Homepage wird das so erklärt:
"Wie ist bei einem Wechsel des elektronischen Lohnbuchhaltungssystems innerhalb des laufenden Kalenderjahres zu verfahren? Muss bei ununterbrochenen Beschäftigungsverhältnissen auch in diesem Fall eine einzige Lohnsteuerbescheinigung übermittelt und ausgedruckt werden oder können hier ausnahmsweise zwei Bescheinigungen erstellt werden?
Bei einem unterjährigen Systemwechsel greift der Grundsatz der Verhältnismäßigkeit. Dahingehend kann in dieser Ausnahmesituation die Vorgehensweise an die innerbetrieblichen Abläufe angepasst werden.
Folgende Vorgehensweisen kommen in Betracht:
Übernahme der Daten in das neue System. Elektronische Übermittlung und Ausdruck einer einzigen Lohnsteuerbescheinigung am Ende des Kalenderjahres beziehungsweise am Anfang des Folgejahres.
Falls eine Übernahme der Daten in das neue System nicht möglich ist, so können zwei separate Bescheinigungen übermittelt und ausgedruckt werden 1. Lohnsteuerbescheinigung: mit dem Altsystem bis zum Wechselzeitpunkt; 2. Lohnsteuerbescheinigung: mit dem Neusystem ab dem Wechselzeitpunkt.Achten Sie bei dieser Vorgehensweise bitte darauf, dass es bei den Beschäftigungszeiträumen nicht versehentlich zu ungewollten Überschneidungen oder Lücken kommt.Es empfiehlt sich, das Betriebsstättenfinanzamt (§ 41 Abs. 2 EStG) im Vorwege über den beabsichtigten Systemwechsel zu informieren. Sofern nach Erstellung der Lohnsteuerbescheinigungen festgestellt wird, dass die erste und / oder zweite Lohnsteuerbescheinigung unzutreffend ist (z. B. Berücksichtigung eines Freibetrages in voller Höhe in beiden Lohnsteuerbescheinigungen), ist dies mittels Korrektur- und Stornierungsverfahren zu korrigieren."
Quelle: elster.de (Stand 10.01.2020)