Motivo
Possivelmente, a agência não possui a permissão da prefeitura vigente para emitir notas fiscais via web service (sistemas terceiros).
Solução
É necessário entrar em contato com a prefeitura, via e-mail ou ligação (normalmente disponíveis no Portal da Prefeitura) e solicitar a liberação da emissão de nota fiscal pelo webservice para o CNPJ do contratante em questão.