O banco emissor solicita ao proprietário do cartão que ele confirme a compra no aplicativo do banco, que ele inclua o token gerado no aplicativo na tela de confirmação ou ainda que ele confirme via SMS.
Lembrando que cada banco possui seu próprio método de autenticação 3DS, você pode conhecer aqui a lista de bancos ativos com essa nova funcionalidade:
Aqui estão todos os bancos 3DS.