Zálohování je jedna z nejdůležitějších a často opomíjených operací. Systém Flexi jej samozřejmě nabízí a lze se s ním setkat za běžného provozu, nebo při odhlašování z programu.Tuto variantu nazýváme ruční zálohování a její přístupnost lze řídit přístupovými právy jednotlivých uživatelů. Provoz systému není zastaven a záloha je současně konzistentní (zálohuje se vždy stav z doby zahájení zálohování).
První varianta, jak ručně zálohovat firmu a následně obnovit zálohu:
- na dotaz „Chcete před ukončením programu provést zálohování účetnictví firmy?“ při odhlašování ze systému Flexi klikněte na tlačítko Ano, 
- určete místo, na kterém chcete firmu zálohovat (nejlépe na externí disk), 
- přihlaste se do systému Flexi a v úvodu vyberte firmu, kterou jste zálohovali, 
- klikněte na tlačítko Obnovit ze zálohy, 
- z vašeho lokálního počítače, či z externího disku vyberte zálohu, 
- tím dojde k založení nové firmy (bude mít stejný název a za něj se přidá datum obnovení zálohy), 
- kliknutím na tlačítko Odpojit firmu odpojíte firmu, ze které byla záloha vytvořena.Druhá varianta, jak ručně zálohovat firmu:Přes menu Firma – Záloha firmy. Další postup je stejný jako u první varianty. 
Zálohovat doporučujeme minimálně 1x denně, a to z několika důvodů: při poškození vašeho počítače, při pádu sítě či při nestandardním zásahu uživatele s důsledkem poškození dat.

