Si realizaste una compra a un cliente con tu RUT y necesitas facturarlo debes de hacer lo siguiente:
Según lo conversado con nuestro equipo de contadores, la forma más adecuada sería documentarlo como un gasto por cuenta y orden de terceros.
Debería de facturarlo como un gasto por cuenta y orden de terceros, con IVA desglosado incluso también, con la misma descripción que la factura de compra, y de esa manera, no considerar esa venta como un ingreso real para el, y la compra tampoco deducir el IVA.
Pero debería hacerlo en una factura independiente (es decir, exclusivamente por ese gasto), y mediante esa opción de por cuenta y orden de terceros.
https://www.efactura.dgi.gub.uy/principal/ampliacion_de_contenido/documentacion-de-pagos-por-cuenta-de-terceros?es
Es decir que debería de hacerse como un comprobante de cuenta ajena.
De todos modos, para mayor seguridad, recomendamos validar el caso puntual con su contador/a.