1. Crea tu favicon usando aplicaciones cómo https://www.favicon-generator.org/  o http://www.favicomatic.com/
  2. Crea un archivo .ico.
  3. Ingresar en la sección de Apariencia (menu lateral).
  4. Ingresa en el editor (Edición avanzada de plantillas) y agrega el archivo del favicon a mano izquierda abajo en Archivos.

5. Haz clic sobre la plantilla llamada layout.liquid para editarla.

6. En las primeras líneas de código tienes que reemplazar la URL del favicon por la que agregaste, en el siguiente línea:
<link rel="shortcut icon" href="favicon.ico">

7. Modifica la URL del link de la imagen por la de tu favicon ( es la parte que esta este comillas después de href) . 

Para ver la url, tienes que hacer clic en el archivo que subiste y se abrirá en el navegador. Cópiala y la pegas en la plantilla reemplazando donde dice favicon.ico.

8. Recuerda guardar los cambios.

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