Нет.
При очистке кэша приложения вообще не затрагиваются никакие пользовательские данные. Данные карт в любом случае никогда не удаляются. При переустановке приложения (перезаходе в аккаунт), удаляются активные платежные токены. То есть, после перелогина/переустановки необходимо будет заново произвести активацию бесконтактных платежей для всех добавленных в Swoo банковских карточек.