Sugerimos siempre facturar a tu empleador o cliente del exterior. No le va a llegar ninguna notificación a tu empleador o cliente ya que solamente estás informando a la AFIP que exportás servicios para el exterior.
Si estás usando una factura E para ingresar dólares como parte del régimen oficial, revisá nuestro artículo sobre los requerimientos y obligaciones para estos ingresos acá: