Para modificar el texto del cuerpo del e-mail que se envía a tus clientes cada vez que les emitís un comprobante, debes acceder a:

Menú > Mi espacio de trabajo > Mis CUIT/Pdv presionar el botón "Herramientas" y luego "Editar" que está al lado de tu CUIT.

Dentro de la solapa 6: "Configurá como se enviarán por e-mail los comprobantes de éste CUIT+PDV" podrás modificar éste texto.