Siento decirte que por el momento no hay opción de incorporar un apartado para un descuento general como puede ser el descuento por pronto pago.
Tienes la opción de añadirlo manualmente en una línea más del documento con la cantidad en negativo:
Cómo aplicar un descuento por pronto pago en facturas
No hay un campo específico para descuentos globales. Añade una línea adicional con el importe en negativo para aplicar el descuento.