Para entrar una factura con diferentes tipos de IVA tienes que sumar las Bases imponibles de cada IVA y el total, añadirlo en la casilla 'Importe Neto' y después en la zona de 'Impuestos y retenciones' deberás añadir un IVA a cada línea con su 'Base Imponible' y con su tanto por ciento.
Te dejo un ejemplo de una factura con 3 tipos diferentes de Iva:
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