Si tenemos una factura, que tiene una parte con IVA y la otra no, tienes que insertar en el apartado 'Importe neto', el importe de la base imponible del IVA más el importe sin IVA. Luego en el apartado de los impuestos, le pondremos solo la Base Imponible del IVA con el tanto por ciento, así solo nos calculará el IVA de la parte que queremos y el resto se queda sin IVA.
Te pongo el ejemplo; tengo una factura que tiene una parte de 100€ + IVA(21%) y una parte de 20€ sin impuestos. Total de la factura 141€. Se introduciría así: