Puedes marcar varias facturas como cobradas a la vez, si vas al módulo de los vencimientos
Al final del listado, tienes que darle al botón 'Mostrar selección múltiple'
Luego selecciona todos los vencimientos que quieres marcar como pagados y haz clic en 'Marcar como pagado'
Si puedo ayudarte en alguna otra cosa, no dudes en contactar conmigo.