Las bodegas que estén creadas en el ERP y que tengan movimientos asociados no se puede eliminar de forma directa, lo que puedes hacer es inactivarlas para esto debes ingresar en: Configuración>> Inventario>> Bodegas>> Seleccionamos la bodega y Editar. 

Luego desactivamos la opción de bodega activa y Grabar. 

Si en algún momento requiere ocupar nuevamente la bodega, solo debe activarla de nuevo y grabar.