会社情報＞請求先＞「消費税」の項目はどこに反映されますか？

結論より申し上げますと、派遣請求書に反映されます。

最終的な「税込御請求金額」には変更ございませんが、
該当の消費税項目で「なし・内税・外税」をそれぞれ選ぶと表示が変わってまいります。
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・なし
摘要に対する金額と小計は税抜表示、外消費税の表示なし
・内税
摘要に対する金額と小計は税込表示、外消費税の表示あり
・外税
摘要に対する金額と小計は税抜表示、外消費税の表示あり