Provavelmente isso está ocorrendo porque, ao contrário dos outros sistemas, o 2º fator de autenticação dos PJe's é único. Ou seja, o fator usado no PJe do TRF-3, por exemplo, é o mesmo que deve ser usado no PJe do TJDF ou no PJe do TRT-2.
Se, portanto, você gerar um novo fator para um novo PJe, o fator de todos os outros será invalidado, fazendo com que a habilitação deles no Legal Mail passe para o status "Com pendências".
Para sanar esse problema, gere o QR Code do fator atualmente válido e insira-o no formulário de habilitação de qualquer PJe que esteja com pendências. Isso atualizará o QR Code para todos os outros PJe's.
Em seguida, reforce para a sua equipe que nenhum outro fator deve ser gerado para nenhum PJe - caso contrário, o mesmo problema se repetirá.