CSVにて、過去の応募者を取り込んだとき、過去の応募者もその月の集計にカウントされる？

はい、されます。
もし分析に影響を及ぼしたくない場合は、取り込む際にステータスを変更してとりこむことで応募にカウントはされなくなります。