Con el programa, las facturas empezarán automáticamente con el número 0001 con el cambio de año, a no ser que lo tengas configurado para que sigan la numeración a pesar del cambio de año.
Para comprobar como lo tienes configurado, tienes que ir a 'Configuración' -> 'Personalización documentos' -> 'Preferencias generales'
y en el apartado, 'Posición de la serie' si quieres que las facturas empiecen la numeración de nuevo, con el cambio de año, tendrás que tener sin seleccionar el apartado, 'No reiniciar las series de numeración de documentos con el cambio de año'
Si te puedo ayudar en alguna otra cosa, no dudes en contactar conmigo.