El programa no mantiene realmente un contador interno para los documentos, sino que numera cada documento buscando el que tenga el número más alto de la misma serie y año, por tanto lo único que tienes que hacer es indicar manualmente el número de la primera factura de cada serie que no quieras que empiece en la 0001 pulsando el botón "Modificar" del apartado "Número factura" que sale junto a la zona del número de factura en la página de creación del documento y a continuación indicando el número que deseas para la primera factura.
Si ya tienes creado algún documento con un número que no es el que quieres puedes modificar su número desde la página de edición del documento.
Si tienes alguna otra consulta, no dudes en escribirme.