現時点で、1部門ごとの予算データを取り込む以外の方法はありません。

予算取り込みは、計画＞データ取込から可能です。
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①計画＞データ取込＞CSVテンプレートをダウンロード

②テンプレートに沿って予算を作成
③計画＞データ取込＞「取込先の計画バージョン」と「タグ：部門」を選択し、CSVファイルを選択
④「インポート」をクリック
②～④の操作を部門ごとに繰り返し行ってください。

※翌期以降の予算を入れたい場合は、1列目の会計期間を翌期の年月に変更いただくと、翌期以降の予算も簡単にインポートが可能です。

詳しくはこちらのマニュアルをご参照ください。