Sim, pode ser atualizado o orçamento sem perder os vínculos. O sistema realiza os vínculos através dos códigos, logo se as alterações forem sobre os valores ou descrição, serão mantidos os vínculos. Caso seja adicionado algum código novo, desde que não interfira no sequenciamento já existente, também serão mantidos corretamente os vínculos. Deve-se lembrar de vincular o código novo com as atividades do cronograma! 

Veja o exemplo abaixo, nos quadros vermelhos os novos códigos 01.01.04, 03., 03.01 e 03.02 devem ser vinculados por se tratarem de itens novos. Já no caso do quadro verde, o código 02.02, por mais que seja um item novo, já está vinculado no nível acima (02.). 

Orçamento antigo

Orçamento novo