Isso pode ocorrer porque a inbox onde os processos com cada etiqueta aparecem é dividida em 3 seções: "Abertos", "Adormecidos" e "Arquivados", e você provavelmente está olhando apenas uma dessas seções (normalmente a "Abertos", que é a exibida por padrão).
Procure também por esses processos nas demais seções usando o seletor de seção que aparece no topo da inbox. Ao somar os processos das 3 seções, você verá que o resultado provavelmente vai bater com o que total que aparece no filtro da etiqueta.