Alguns sistemas de tribunais demoram algumas horas (às vezes dias) para exibir nos autos uma petição que foi protocolada recentemente.
Para ter certeza de que o protocolo foi realizado, consulte o recibo do protocolo que estará disponível na seção "Protocolos", coluna "Ações". Se ele estiver, fique tranquilo: o protocolo foi realizado, mas apenas não está sendo exibido nos autos.
Se quiser, você pode entrar em contato com o cartório do órgão julgador pedindo uma confirmação.