Si el Impuesto Único de un trabajador figura en cero primero debes verificar que estén cargados los Valores Informativos ya que este es el caso mas frecuente que origina el inconveniente.

Ingresar en Nómina>> Movimientos mensuales>> Valores informativos>> Seleccionar mes>> Traer>> Copiar valores>> Grabar. 

Luego de esto verifique nuevamente las liquidaciones.