Lo primero que debes hacer es verificar el saldo del documento para determinar si está afectado por un ingreso o una NC facturada previamente para esto debes:

Ingresar en Ventas >> Ventas >> Informes de ventas >> Estado de clientes.

En ese punto puedes filtrar por el cliente en particular para verificar si la factura a la que se aplicará la NC tiene asociado un pago o una NC previamente facturada.

Si tiene un comprobante de ingreso asociado, debe eliminarlo o Editar y dejar el pago a una cuenta de anticipo, luego de realizado esto podrá facturar la Nota de Crédito.