Para habilitar el AFC de 11 años debes ingresar en: Nomina>> Empleados>> Periodo>>  selecciona al trabajador>> Editar

En este punto vamos a la Pestaña Personal y se marcan como si los parámetros:

"Aplica AFC +11 años"  y "Aplica AFC".

Siempre deben estar ambas en si para que se  reconozca que aplica AFC y que es el de mas de 11 años.