次のいずれかの原因が考えられます。
下記手順をお試しいただき、解決しないようであれば画面左下のチャットにてお問い合わせください。

①仕訳数が多い場合
仕訳数が多い場合、システム上タイムアウトしている場合があります。
取り込む期間を四半期ごと、1ヶ月ごとなどに分割し、再度取り込みを行ってください。

②仕訳で使用されている勘定科目がManageboard上で取り込まない設定になっている場合
仕訳で使用されている勘定科目がManageboard上で取り込まない設定になっている場合、API連携でデータ取込に失敗します。
下記手順で再度取り込み設定を行ってください。
１）実績＞データ取込＞詳細データを取り込む場合はこちら
２）マスタ割当＞設定する
３）勘定科目タブで取り込む列にチェックが入っていないものにチェック
４）画面右下「保存」＞画面左上「データ取込」
５）実績の反映＞反映する

③販管費・製造原価など、別の項目に同じ名称の勘定科目がある場合
「販管費」と「営業外費用」など、別の項目に同じ名称の勘定科目がある場合、Manageboardでは取り込みが出来ません。
会計ソフト側で勘定科目の名称を変更し、再度取り込みを行ってください。

例：「支払利息」が「販管費」と「営業外費用」にそれぞれある場合
会計ソフト側で「販管費」にある「支払利息」の名称を「販管費支払利息」に変更する。

③freeeをお使いの場合、こちらのマニュアルもご参照ください。