Debes ingresar en:
​Nomina>Empleados>filtrar el mes que desea> selecciona al empleado> click editar. (ver imagen)

Al ingresar vamos  a la pestaña Ficha y procedemos a seleccionar la ISAPRE correspondiente. (ver imagen)

Luego nos dirigimos a la pestaña personal y ubicamos los parámetros de ISAPRE, debes completar los datos con la información indicada en la siguiente imagen. (ver imagen)

SI la ISAPRE que deseas agregar no está incluida en el listado, en el siguiente artículo tiene las instrucciones para que puedas crearla.