Para hacer un descuento al total de la factura debe ir a Configuración > Ventas > Tipos de Documentos, buscamos el documento en el listado y tocamos los tres puntos de la derecha para hacer clic en la opción "Editar"

En la parte inferior recargos y descuentos Ingresamos el nombre del descuento > elige la clase de descuento que quiere hacer, se pueden asignar descuentos por Monto Variable, Monto Fijo, Porcentaje Variable y Porcentaje Fijo.

Al tener el descuento definido debes hacer clic en el botón Guardar y cuando haga la factura aparecerá un campo en los totales para que ingrese el descuento al total de la factura.