Para realizar una venta con valores afectos y exentos debemos ingresar en: Ventas>> Listado de documentos>> Nuevo.

Procedemos con el llenado del encabezado del documento y al momento de ingresar las lineas de detalles seleccionamos que lineas son afectas al IVA y cuales son exentas, le sugiero ver el siguiente ejemplo gráfico.
Luego de completada la información procedemos a facturar.