Para eliminar el comprobante contable de nómina debes ir al módulo de nómina> Generación de Comprobante contable, seleecionar el periodo y luego la opción "Traer"

Luego debe hacer click en el eslabón amarillo, y verá el comprobante contable

finalmente hacer click en Desaprobar y luego puedes editar o en Eliminar directamente