A forma como cumprimentos de sentença no TJSP serão protocolados depende do sistema onde o processo principal está tramitando.
Se for o eSAJ do TJSP, eles deverão ser protocolados como petições intermediárias, em que o campo "Tipo de petição" do formulário final de peticionamento deve ser preenchido com a opção "Cumprimento de sentença". Depois de feito o protocolo, o próprio tribunal aparta o cumprimento do restante dos autos, criando um novo processo com classe "Cumprimento de sentença" e com uma numeração CNJ diferente da do processo original.
Se for o eProc do TJSP, eles deverão ser protocolados como petições iniciais em que a classe deverá ser "Cumprimento de sentença" e o tipo de distribuição deverá ser "por dependência" ao processo principal. Veja mais aqui.