Para registrar el pago a un proveedor por el módulo de contabilidad debes ingresar en: Contabilidad> Listado de Documentos> Nuevo. 

En ese punto procedemos a cargar a la cuenta de Proveedores nacionales o extranjeros (según el caso) y luego al abrir la ventana de análisis ingresamos el proveedor, tocamos el ticket Cancelar Documento y hacemos clic en la opción "Buscar"

Luego seleccionamos el documento y guardar 

 y ya por ultimo registramos el Abono a la cuenta de la que sale el dinero y grabamos el comprobante