Debes tener creada la Cuenta Corriente en tesorería previamente, luego ingresar al módulo Contabilidad> plan de cuentas> Seleccionamos para  editar la cuenta contable correspondiente al banco. 

Una vez dentro de la ficha en la parte inferior vamos a marcar la opción de conciliación bancaria, seleccionamos el banco, la cuenta corriente, la moneda y por ultimo presionar el botón grabar. 

Puedes ver el proceso en el siguiente vídeo