Si la cuenta no tiene movimientos asociados puedes eliminarla, debes ingresar en: Configuración> Tesorería> Bancos y Cuentas Corrientes> Seleccionamos la Cuenta> Eliminar.

Si la Cuenta Corriente tiene movimientos asociados no se puede eliminar directamente, en este caso se debe Editar y una vez dentro de la ficha se desmarca la opción de "Activa" y "Grabar". 

Una vez inactiva la cuenta no podemos asignarle movimientos hasta que no sea re activada.