ポイントを使用した注文に対してもポイントは付与されますか？

ポイント利用は割引として処理されますので、実際のお客様のお支払い金額はポイント利用を除いた額となります。

そちらにストア内で設定されている還元率が適用され、付与ポイント数が決定されます。

現時点ではこちらは設定等での変更はできませんのでご注意ください。